Το Παρατηρητήριο της Εγνατίας Οδού χρηματοδοτείται από το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα "Ενίσχυση Προσπελασιμότητας 2007-2013" (ΕΠ-ΕΠ), ’ξονας Προτεραιότητας ΙΓ' "Τεχνική Υποστήριξη Εφαρμογής Αξόνων Προτεραιότητας Ταμείου Συνοχής"
Για την περίοδο 2003-2008, το Παρατηρητήριο της Εγνατίας Οδού χρηματοδοτήθηκε από το Μέτρο 2.3 του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Οδικοί ’ξονες, Λιμάνια και Αστική Ανάπτυξη», Γ ΚΠΣ.