Όπως κάθε μεγάλο έργο υποδομής με γραμμική διάταξη, έτσι και οι αυτοκινητόδρομοι, διασταυρώνονται με υδάτινα ρεύματα συνεχούς ή μη ροής, τα οποία είτε αποτελούν σημαντικούς τελικούς αποδέκτες είτε εκβάλλουν σε σημαντικούς τελικούς αποδέκτες. Το γεγονός αυτό μπορεί να προκαλέσει την αλλοίωση των χαρακτηριστικών των αποδεκτών και τη διαταραχή των φυσικών, χημικών και βιολογικών χαρακτηριστικών των υδάτων. Οι οικολογικές επιπτώσεις από τη ρύπανση των υδάτων είναι ποικίλες και συχνά συνεπάγονται σοβαρές επιπτώσεις για το κοινωνικό σύνολο.

O Περιβαλλοντικός Δείκτης του Παρατηρητηρίου ENV10 για την ποιότητα των υδάτων παρακολουθεί και ελέγχει τα επίπεδα της ρύπανσης των παρακείμενων στον αυτοκινητόδρομο, της Εγνατίας Οδού, υδατορευμάτων και μέσω του δείκτη εντοπίζονται οι περιοχές στις οποίες παρατηρούνται υπερβάσεις και ελέγχονται με ακρίβεια και οι κύριες πηγές ρύπανσης. O δείκτης αποσκοπεί στον εντοπισμό των ευαίσθητων σημείων από την άποψη των ενδεχόμενων επιδράσεων του άξονα στο υδατικό δυναμικό. Επιπρόσθετα, ο δείκτης εντοπίζει και τους βασικούς ρυπαντές που προέρχονται αποκλειστικά από τον αυτοκινητόδρομο και τη χρήση του.