Για την περίοδο 2017-2023 το Παρατηρητήριο της Εγνατίας Οδού χρηματοδοτείται από το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Υποδομές Μεταφορών, Περιβάλλον και Αειφόρος Ανάπτυξη 2014-2020» (ΕΠ-ΥΜΕΠΕΡΑΑ), στο πλαίσιο του Άξονα Προτεραιότητας "Τεχνική Συνδρομή Ταμείου Συνοχής", σύμφωνα με απόφαση της Ειδικής Γραμματέως Διαχείρισης Τομεακών ΕΠ ΕΤΠΑ και ΤΣ (Απόφαση ΕΥΔ/ΕΠ-ΥΜΕΠΕΡΑΑ/οικ.7592-27.06.2017 με ΑΔΑ: 6Σ7Ο465ΧΙ8-228)

Για την περίοδο 2010-2015, το Παρατηρητήριο της Εγνατίας Οδού χρηματοδοτήθηκε από το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα "Ενίσχυση Προσπελασιμότητας 2007-2013" (ΕΠ-ΕΠ), Άξονας Προτεραιότητας ΙΓ' "Τεχνική Υποστήριξη Εφαρμογής Αξόνων Προτεραιότητας Ταμείου Συνοχής"

Για την περίοδο 2003-2008, το Παρατηρητήριο της Εγνατίας Οδού χρηματοδοτήθηκε από το Μέτρο 2.3 του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Οδικοί Άξονες, Λιμάνια και Αστική Ανάπτυξη», Γ’ ΚΠΣ.